离心机工作时是高速运转，使用时要注意安全，必须做到以下几点：
1、离心机使用时要放置在平稳、坚固的台面上，它的底座都装有橡胶吸脚，借助于大气压力及仪器本身的重量，紧贴于台面）；大容量低速离心机和高速冷冻离心机要相应地安放在坚实的地面上，水平放置。超速离心机重达数百公斤，应放在很坚实的地面上并有防尘、防潮设备，保证离心室达到一定的真空度，正常运行。离心机工作前，应将负荷平衡，重量误差越小越好，否则会引起剧烈震动，损坏离心转头及转轴。
2、离心器分离支架必须在安置离心管后运转，严禁空架运转。离心机启动时，转速开关或值旋钮应放在低档位，启动后再逐步调节到所需要的数值。一次工作后，须将旋纽调至低档位再次工作，在高转速挡或高值档禁止直接启动。选择合适的转头，控制转头的转速。
3、在下述情况下要降低转头的最高转速：转头的运转时间和运转次数达到规定的寿命时；当转头受到局部表面损伤或出现管孔内轻微腐蚀时；使用不锈钢离心管、套管、厚壁管或离心瓶时；样品平均密度超过cm3时；转头受到高温时。
4、转头在每次使用前要严格检查孔内是否有异物和污垢，以保持平衡。转头必须保持干燥清洁，切勿碰撞擦伤。如不慎跌落，应对转头进行X光拍片检查，确认无内部损伤后方可继续使用。转头每次使用后应用温水及中性洗涤剂浸泡清洗，最后用蒸馏水或去离子水冲洗，软布擦干后用电吹风烘干、上蜡，干燥保存。
5、各种离心管的拉力强度和伸长度都不同，应按需要选用，离心管可由许多种不同材料制成，如聚乙烯、纤维素、聚碳酸脂、聚丙烯等。使用时注意保证样品、溶剂及梯度材料不腐蚀离心管及盖组件。过期、老化、有裂纹或已受腐蚀的离心管尽量不用或降速使用。控制塑料离心管的使用次数，注意规格配套。离心过程中不得开启离心室盖，不得用手或异物碰撞正在旋转中的转头及离心管。
6、对于低温离心样品，应先将空的转头在2000rpm预冷一定时间，预冷时控制温度在0℃左右，也可将转头放在冰箱中预冷数小时备用，离心杯可直接存放在冰箱中预冷。
7、在离心过程中如发现异常现象，如不正常噪音及振动，应立即停机检查，未找出原因前不得继续运转。
8、在日常使用离心机的过程中，每隔三个月应对主机校正一次水平度，每使用5 亿转处理真空泵油一次，工作500h应检查驱动电机炭刷，最好用吸尘器将摩擦产生的炭粉除去，必要时需要更换炭刷或将整流子用细砂纸打光。每使用1500h左右应清洗驱动部位轴承并加上高速润滑油脂，转轴与转头接合部应经常涂脂防锈，长期不用时应涂防锈油加油纸包扎。平时不用时，应每月低速开机，保证各部位的正常运转。